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Species belonging to selected taxon:
Saccharum hybrid cultivar CoS 767
,
Saccharum hybrid cultivar SP70-1143
,
Saccharum officinarum
ABOUT THIS RECORD
ID:
MNEST002468
species:
Saccharum officinarum
miRNA family:
MIRf75
source:
miRNEST
Taxonomy by NCBI:
Saccharum officinarum
Saccharum officinarum complex
Saccharum
Andropogoneae
Panicoideae
PACCAD clade
Poaceae
Poales
commelinids
Liliopsida
Magnoliophyta
Spermatophyta
Euphyllophyta
Tracheophyta
Embryophyta
Streptophytina
Streptophyta
Viridiplantae
Eukaryota
cellular organisms
SEQUENCE & STRUCTURE
miRNA
TTCGAGACGAATCTTTTGAGT
miRNA*
TTAAAAGATTTGGCTCGTCCA
mismatches:
3
bulges:
0
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pre-miRNA
AAAAAAAAAACTAATTGCATAGTTTGTCTGTAAAG
TTCGAGACGAATCTTTTGAGT
CTAATTAATCCATGGTTGGACAAATTTTACCAAATAACAACGAA
AAGTGCTACAGTAACTTTTCACCCTCAACTTTTTCATCTAAACACACCCATAGTGGAATATAGGGAAACAAAAAAGAATGGAGAAGTCGCAGCATAGTGT
TAGTTCAGTTCCTTTTCTTTTTCTTTTCATGAAACCAAACCTCAGTAGGAGCAGATCCACACCAAGCTGAGAAGCAGCTCGCAGCAACAGATTAGTGCTT
GCTCTCCTATTACATTACATGCATTTGCCACTAATTACTACCATTAGTACTTACTACTATTACCACCCACCAGCATTGATGTAATACTACCTAGCTAGCT
CCATGTCCATGATATGCTACCGCTACAACAGCCACTAGTTCATATTCATATACACTCTGATAGCACTGTGGGCTTGTTTAGTTGGCCAATTTTTTGGCGA
AATATAACTGTAGCAGTTTCGTTGTTTTTTGGCAATTAGTGTTCAATCATGATCTAATTACGC
TTAAAAGATTTGGCTCGTCCA
TTCTGGCTAAACTGGG
GAATTAGGTTAATTTT
dot-bracket secondary structure
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SIMILARITIES
miRBase
osa-MIR445h
:
0.0000005
PMRD
osa-miRf12089-akr
:
0.0000005
microPC
no hits
UniProt
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RFAM
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non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction:
true miRNA
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